C'est un projet longtemps médité par Massenet, les premières esquisses datant de 1880. L'essentiel de la composition s'étend entre le printemps 1885 et l'hiver 1886-1887. Peu après, le manuscrit est montré au directeur de l'Opéra-Comique,
Léon Carvalho, qui est effrayé par le coup de pistolet et trouve « ce triste sujet sans intérêt » mais il déclare au compositeur : « Nous recauserons. Rien n'est définitif ». Le 25 mai 1887, un incendie détruit la
salle Favart, ce qui entraîne l'interruption des représentations à l'Opéra-Comique. Massenet travaille alors essentiellement sur
Esclarmonde. Après le succès de
Manon, l'Opéra de
Vienne pressent Massenet pour lui fournir une nouvelle œuvre. La première de
Werther a lieu au
Kaiserlich-königliche Hofoper de Vienne en Autriche le 16 février 1892 dans une version en langue allemande de Max Kalbeck.
La création en français a lieu à
Genève le 27 décembre 1892. Son triomphe persuade Carvalho de monter l'œuvre à l'Opéra-Comique. La première y a lieu le 16 janvier 1893 (salle du Châtelet) avec
Marie Delna dans le rôle de Charlotte et
Guillaume Ibos dans celui de Werther, sous la baguette de
Jules Danbé. Malgré le succès critique, le public parisien boude l'ouvrage, contrairement à ceux de Genève, Bruxelles, Chicago, New York, Saint-Pétersbourg, Londres et Milan. Il faut attendre la production d'
Albert Carré en 1903 à l'Opéra-Comique pour qu'il s'impose en France. Inscrite au répertoire de l'
Opéra de Paris seulement en 1984,
Werther est aujourd'hui considéré comme le chef-d'œuvre de Massenet et son opéra le plus personnel. Les librettistes,
Édouard Blau et
Paul Milliet ont adapté le roman épistolaire de
Goethe, en développant particulièrement le rôle de Charlotte pour en faire un personnage aussi important que le rôle-titre.